Candide, un jeune homme dont le nom dénote la naïveté et l’innocence, mène une vie heureuse dans le plus beau des châteaux, celui de son oncle, le baron de Thunder-ten-Tronckh. Cet endroit idyllique se trouve en Westphalie, une région d’Allemagne. Le baron y vit avec sa femme et leurs enfants : un fils et une fille âgée de 17 ans. Candide tombe amoureux de Cunégonde, la fille du baron et écoute avidement les théories de Pangloss, son professeur. Un jour, Candide et Cunégonde ont été surpris par l’homme de la maison, lors de leurs premiers ébats amoureux. Furieux, le baron a banni et chassé Candide de ce paradis et tout s’est écroulé.
Le jeune homme connaît le froid et la faim, un monde totalement opposé à l’Eden où il vivait. Candide se fait recruté de force par l’armée bulgare. Il découvre les horreurs de la guerre, déserte et fuit en Hollande après quelques semaines passées dans cette armée. Arrivé en Hollande dans un état misérable, un homme appelé Jacques l’accueille chez lui. Il rencontre Pangloss, son professeur au château lors d’une promenade. Pangloss est aussi mal en point et est recueilli par Jacques, l’anabaptiste au bon cœur. Le professeur raconte à Candide ce qui s’est passé au château de Thunder-ten-Tronckh. Il raconte que le paradis de son oncle est détruit par les bulgares et que ces derniers ont violé puis tué Cunégonde, ils ont aussi tué le baron et sa femme ainsi que tous les occupants du châteaux. Le philosophe Pangloss est atteint d’une maladie vénérienne mais il reste optimiste et avec l’aide de l’anabaptiste, Candide s’occupe de lui.
Quelques semaines passées, Jacques décide d’emmener Candide et Pangloss à Lisbonne, pour un voyage d’affaires. Alors que les deux amis et Jacques sont en vue du port de Lisbonne, leur navire affronte une terrible tempête. Hélas, Jacques périt dans le naufrage tandis que les deux autres en réchappent par miracle. Un épouvantable tremblement de terre se produit dès leur arrivée au Portugal. Candide et Pangloss participe à l’opération de sauvetage mais un agent de l’inquisition qui a été à l’écoute de leurs discussions les fait arrêter sur le champ pour propos subversifs et déférés à l’Inquisition. Si Candide est flagellé, Pangloss, lui est mort pendu. Candide se retrouve seul.
Désespéré, Candide rencontre une vieille femme qui le demande de la suivre. Celle-ci soigne Candide et lui apprend que Cunégonde n’est pas morte. Les amoureux sont à nouveau réunis. Ils sont fous de joie et se racontent ce qui leur est arrivé. La fille du baron raconte qu’elle a juste été blessée et qu’un capitaine bulgare l’a sauvée du massacre en l’emprisonnant. Le capitaine l’a ensuite vendue à Don Issachar, un banquier juif. A peine son récit achevé, le banquier survient. Fou de jalousie, il se présente pour profiter de Cunégonde mais Candide le tue. Juste après le crime, le grand inquisiteur arrive à son tour. Candide le tue aussi afin d’éliminer les témoins encombrants, il le mit à côté du banquier juif, Don Isaachar. Candide, son amoureuse et la vieille femme prennent alors la fuite.
Les tourtereaux et la vieille femme voyagent jusqu’au port de Cadix. Arrivés à Cadix après quelques mésaventures, ils s’embarquent dans un bateau qui s’apprête à partir en Amérique du Sud. Ils s’enfuient alors en direction du Paraguay pour échapper aux représailles des juifs. L’équipage est chargé d’aller y combattre la révolte contre les rois d’Espagne et du Portugal. Candide parvient à se faire engager en tant que capitaine, il embarque avec sa bien-aimée, la vieille femme et deux valets.
Au cours de la traversée, la vieille leur raconte son aventure. Elle leur apprend qu’elle est la fille d’un pape et d’une princesse. Elle raconte qu’elle a vécu une enfance joyeuse, en beauté et au milieu des plaisirs et des espérances puis elle a connu beaucoup de mésaventures. Sa mère a été enlevée, son fiancé qui était un prince a été empoisonné. Ensuite, elle a rencontré un eunuque qui la consolait et la proposait de la ramener, mais celui-ci n’a pas tenu ses promesses et l’a vendue à des marchands d’esclaves. Son histoire est une suite épouvantable de malheurs. La vieille dame a été esclave d’un seigneur moscovite qui l’a battue et finit par devenir la servante de Don Isaachar. C’est à partir de ce moment que s’est tissé le lien entre elle et Cunégonde. Suite à son histoire, la dame demande aux autres passagers de raconter la-leur. Candide commence à croire que le mal existe dans ce monde.
A peine arrivé à Buenos Aires, les tourtereaux sont à nouveau séparés. La vieille dame conseille à Candide de fuir puisque l’inquisition a retrouvé sa trace. Elle conseille à Cunégonde de rester auprès gouverneur qui s’est épris d’elle et qui ensuite la demande en mariage. Candide suit le conseille de la vieille femme et part avec son valet Cacambo se réfugier chez les jésuites du Paraguay, là où il retrouve le frère de Cunégonde. Ce dernier lui raconte ce qui lui est arrivé mais il s’oppose au fait que Candide puisse épouser sa sœur. Le frère de Cunégonde frappe alors Candide du plat de son épée mais celui-ci se défend et le tue d’un seul coup.
Candide et Cacambo reprennent la fuite après ce nouveau meurtre. Ils se retrouvent dans le territoire des Oreillons, un territoire qui leur est inconnu. Ils assistent à une scène inhabituelle : deux femmes poursuivies par des singes. Candide croit que ces femmes sont en danger et tue les singes, Cacambo l’explique qu’il n’aurait pas dû tuer les animaux puisqu’ils étaient les amants des jeunes femmes. Les habitants du pays les ligotent et envisagent de les dévorer mais finalement, Cacambo prend la parole et leur a expliqué que son ami croyait que les jeunes femmes étaient en danger. Les Oreillons trouvent le discours de Cacambo raisonnable et finissent par leur faire grâce après avoir eu la certitude qu’ils n’étaient pas des jésuites.
Les deux hommes se dirigent vers la Cayenne. Ils finissent par atteindre un endroit paradisiaque grâce à un canot qu’ils découvrent sur une rivière. Le canot emprunte une voûte mystérieuse. Candide et Cacambo se retrouvent dans une contrée nommée l’Eldorado. C’est un lieu merveilleux, le paradis sur terre là où les hommes vivent en paix et se respectent mutuellement. L’harmonie règne dans cet endroit, les repas sont délicieux, la religion est tolérante et le souverain est humaniste. Quelques semaines de séjours merveilleux dans ce lieu magique, Candide désire toujours retrouver Cunégonde et préfère quitter l’Eldorado. Le souverain les laisse partir avec quelques moutons et d’autres présents. Et le voyage reprend.
Candide et Cacambo arrivent à Surinam, une colonie hollandaise. Ils y découvrent l’atroce réalité de l’esclavage. Les deux jeunes hommes se séparent, il ne leur en reste plus que deux moutons. Candide décide d’envoyer Cacambo racheter Cunégonde au gouverneur de Buenos Aires. Candide, de son côté cherche à regagner l’Europe. Ils se donnent rendez-vous à Venise. Mais Candide s’est laissé avoir par un marchand qui lui prend ses moutons et s’embarque pour Venise sans l’attendre. Il parvient à s’embarquer dans un vaisseau en partance pour Bordeaux, en compagnie d’un pessimiste et philosophe dénommé Martin, à qui il a payé le voyage. Au cours de la traversée, Martin expose à Candide sa vision du monde, ce qui est totalement l’opposé de celle de Pangloss.
Après plusieurs aventures, Candide et Martin ont fini par atteindre Venise mais Cacambo et Cunégonde ne sont pas au lieu de rendez-vous. A leur place, il y a Paquette, prostituée qui était auparavant la maîtresse de Pangloss et son frère, un moine singulier répondant au nom de Giroflée. Cette escale est une bonne occasion pour faire la rencontre d’un homme riche, Prococurant, le noble vénitien. Épuisé par toute cette fortune et cette jouissance en abondance, il n’en jouit pourtant plus, il ne semble pas plus heureux qu’un tel ou un tel, ce qui produit une certaine déception. Candide et Martin reviennent alors sur le vaisseau pour réembarquer et ils retrouvent Cacambo qui est devenu esclave. Ils le rachètent par la suite, mais sur une galère sur leur chemin, ils remarquent le frère de Cunégonde et Pangloss enchainés à leur rame. Candide ne lui a donc pas ôté la vie malgré le coup fatal qu’il a reçu. Mais Cunégonde reste disparue, celle que Candide recherche désespérément partout dans le monde avec tout son amour. C’est Pangloss et le baron qui relate leurs aventures.
La compagnie atteint enfin la Turquie et s’installe aux bords de la Propontide, la mer de Marmara. C’est là que se présente alors Cunégonde et la Vielle, mais la jeune femme n’est plus comme au tout début, elle est devenue laide et acariâtre. Celle que Candide avait poursuivie de son amour à travers le monde. Mais Candide respecte tout de même ses engagements et propose à la jeune femme de l’épouser. Il exploite par la suite une petite propriété avec ses compagnons d’infortune, mis à part Pangloss. La morale du récit du jeune candide c’est qu’il faut « cultiver notre jardin ».
